“Отдел Х” захотел себе “сайт”. Создать для них веб приложение или семейство узлов?

Однозначного ответа нет, но вот такая табличка возможно поможет склониться к правильному варианту:

	Веб-приложение	Семейство сайтов	Сайт внутри семейства
Возможность использовать для хранения контента отдельную БД	+	+	-
Возможность иметь различные СУС-КПЭ (доступность, восстановление, частота резервного копирования) в зависимости от контента	+	+	-
Возможность использовать отдельный пул приложений IIS	+	-	-
Возможность использовать уникальное доменное имя	+	-	-
Наличие собственных настроек/политик (группы доступа, корзина, др.)	+	+	-
Возможность настройки уникальных параметров веб-приложения (например тип аутентификации)	+	-	-
Возможность создания логического разделения контента сайтов	-	+	+
Возможность совместного использования шаблонов и навигации	-	+	+
Независимое развертывание решений	+	-	-

Так же стоит отметить, что в случае "разделения" узлов на приложения или семейства улучшается управляемость вследствие сокращения количества групп SharePoint и увеличения количества администраторов (у приложения или семейства узлов один администратор, соответственно при увеличении числа семейств в каждом - свой).